我公司车辆，被司机非法营运被扣车了

针对您公司车辆因非法营运被扣车的情况，根据《道路运输条例》的相关规定，非法营运扣车有明确的时限，即最多不能超过60天。在此期间，您公司有权了解扣车的具体原因、扣车期限以及后续处理流程。同时，若认为扣车行为存在不当之处，可依法提出异议或申请行政复议，以保障自身合法权益不受侵害。法律依据为《道路运输条例》中关于非法营运处罚的相关规定。
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从法律角度，公司应首先核实扣车事实，了解扣车原因及期限。其次，与司机沟通，明确责任归属，若司机私自营运，公司可考虑追究其法律责任。同时，积极与道路运输管理机构沟通，配合处理非法营运事宜，争取尽快取回车辆。最后，公司应加强内部管理，完善车辆使用制度，防止类似事件再次发生。
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若司机私自将公司车辆用于非法营运，公司作为车主是否承担责任需视情况而定：若公司能证明已尽到合理管理义务，且对司机的非法营运行为不知情或无法控制，可能无需承担直接责任；但若公司存在管理疏漏或默许、纵容司机非法营运，则可能需承担相应法律责任。因此，公司应加强车辆管理，明确司机职责，避免此类情况发生。